Esta región fue sometida en épocas posteriores al imperio tarascó, por Tzitzispandácuare cuando éstos adquirieron un fuerte predominio y los aztecas se concentraron en el Valle de México.
Los primeros habitantes de la región de Sahuayo, así como los muchos lugares de las márgenes del Lago de Chápala, fueron de origen azteca. Se cree que en la peregrinación de esta raza desde Aztlán, rumbo a la región de los grandes valles, se dividieron en varias fracciones y en los lugares donde se asentaron, fundaron pueblos con nombres, naturalmente, de su propio idioma, como fue el caso de Sahuayo.
A la llegada de los españoles, bajo el mando de Alonso de Avalos formó parte de la provincia de Avalos, la cual abarcó Tuxpan, Tuzantla, Sayula y Sahuayo. Pasó a formar parte de la encomienda de Hernán Cortés, el cual la cedió a la vez a Gonzalo de Galván.
La conquista espiritual la hicieron los frailes de la orden de San Francisco y se atribuye a Fray Juan de Badia.
Para 1540 Sahuayo dependía eclesiásticamente de Jiquilpan.
En 1555, pasó a pertenecer a Jacona y en 1570, al convertirse Ixtlán en Parroquia secular, pasó a formar parte de ella junto con Caro, Guarachita y Cojumatlán. Dependía civilmente de Zamora.
A partir de 1545, en la región se da una expansión de españoles, los cuales se establecen en la tierra de los naturales despojándolos.
En 1567, el Marqués de Folces repartió esta región para estancias ganaderas de españoles.
A fines del siglo XVI, se da el acaparamiento de tierras más grande de la región. El caso de la hacienda de Guaracha, que a través de despojos y compraventas ilegales de tierras indígenas o absorbiendo a las comunidades dejando sus terrenos dentro de la hacienda para obtener fuerza de trabajo, logró conformar al latifundio más grande del occidente de Michoacán y abarcó entre otros lugares: Copándaro, Cuztla, La Palma, Cojumatlán, Chavinda, Buenavista, etc.
En 1643, el zamorano Pedro de Salada tuvo oportunidad de legalizar sus despojos de tierras y establecer legalmente la hacienda de Guaracha.
Durante la época de la colonia, la población local sufrió el azote de las pestes, por lo que disminuyó considerablemente. Ante ello, la hacienda se vio en la necesidad de introducir esclavos negros, generando la creación de nuevas castas en la zona.
A principios del siglo XVIII, la hacienda cambia de dueño y de administración, inaugurándose así un régimen de terror que va a prevalecer hasta la disolución de la hacienda.
En 1765, el curato de Sahuayo comprendía cuatro pueblos de indios, Sahuayo, que era la cabecera, San Pedro Caro, Santa María Asunción de Xuquimatlán y San Miguel Guarachita.
Durante la guerra de independencia, los sahuayenses dieron un gran contingente de hombres para la lucha en favor de la libertad, ya que tomaron parte de la defensa del puerto o isla de Mezcala, al lado del cura Castellanos, que era de la región. La hacienda de Guaracha participó activamente al lado del bando realista, por lo que los insurgentes la asaltaron varias veces. Sahuayo se constituyó en municipio por Ley del 10 de diciembre de 1831.
Durante la época de la Reforma, fue refugio de los conservadores, teniendo un gran cambio en 1861, en que fue vendida la mitad de la hacienda de Guaracha, a más de 50 compradores, por la dueña Doña Antonia Moreno de Depayre. La parte vendida fue la del occidente de la Laguna y Cojumatlán. Surgen así nuevos propietarios, dueños de grandes capitales. Durante la intervención francesa, la población fue escenario de encuentros entre franceses y republicanos, fue tomada y saqueada por uno y otro bando. El 13 de abril de 1891, su cabecera fue elevada al rango de Villa con el nombre de Sahuayo de Porfirio Díaz.
En la época porfirista Sahuayo padeció nuevamente por las pestes, a la par se introducían mejoras materiales tanto en la población como en la infraestructura agrícola. El dueño de la hacienda de Guaracha construyó la presa de San Agustín, un ingenio moderno y consiguió que el ferrocarril llegara a la hacienda en 1901. Surgen grupos de arrieros, artesanos y comerciantes.
Para 1905 se inició la desecación de la laguna de Chápala, que incrementó la riqueza de los terratenientes de la zona, que obtuvieron más tierras y aprovecharon para terminar de despojar a los campesinos o de denominarlos mediante el control del agua. Para 1912 la población sufrió la ruptura del bordo que desecó la región. Esto, además de otros estragos naturales, impidieron la participación inmediata de la revolución. Es hasta el año de 1916 y 1920 que se involucra al movimiento revolucionario. La población tendrá una participación activa durante el conflicto religioso de los cristeros.
Después de la solución al conflicto religioso cristero, se da a través del cura local, la campaña contra el agrarismo, intimidando a los campesinos que intentaban recuperar sus tierras, siendo hasta 1930, cuando el Gobernador Lázaro Cárdenas, da una primera resolución para repartir parte de la hacienda a campesinos de Sahuayo. Posteriormente, en el año de 1936, estando Cárdenas en la Presidencia de la República, se ordena el reparto, entre los campesinos, de las tierras de la hacienda. Se funda el ejido Emiliano Zapata.
El 28 de noviembre de 1952, por su desarrollo económico, se le otorga a Sahuayo el título de Ciudad y para 1967, se le cambio el apellido de Díaz por el del gran héroe de la independencia quedando Sahuayo de José María Morelos.